Файлы плагинов для сети сайтов на WordPress 3 могут храниться как в папке plugins, так и в папке mu-plugins в зависимости от их назначения.

Установка в папку для любых плагинов plugins

Обычные плагины для сайтов сети хранятся в обычной папке WordPress
/wp-content/plugins/
Новые плагины может устанавливать и активировать только супер администратор в разделе Администрирование сети.

Если суперадминистратор разрешил выбирать плагины для сайтов (опция Плагины на странице Настройки в пункте  Разрешить служебные меню), пользователи, имеющие сайты в сети,  могут активировать и деактивировать для своих сайтов плагины,  установленные суперадминистратором.
Владельцы сайтов делают это как обычно в WordPress, т.е. в административном разделе своего сайта Плагины.

Администратор сети также может активировать установленный плагин для всей сети.

Установка в папку для сетевых плагинов mu-plugins

В сети сайтов на WordPress 3 также можно создать специальную папку
/wp-content/mu-plugins/
которая предназначена для плагинов, обязательных для всех сайтов сети.
В папку mu-plugins можно загружать только файлы плагинов (плагин имеет один файл) или  файлы, подключающие папки плагинов. (Папки внутри mu-plugins игнорируются.) Эти файлы активировать не нужно, они подключаются автоматически и появляются в списке плагинов Must Use - Необходимые).

Установка сетевого плагина

Например, плагин Network Privacy имеет только один файл ra-network-privacy.php, который можно загрузить в /wp-content/mu-plugins/.

В то же время папку этого плагина можно просто загрузить в /wp-content/plugins/. Тогда он появится в списке обычных плагинов, и его можно будет активировать и деактивировать в административном разделе Плагины.